محمود احمدی نژاد رییس جمهور اردیبهشت ماه سال جاری در جمع مردم قزوین با اشاره به تغییر ساختار سازمان مدیریت و برنامه ریزی گفته بود: انحلال سازمان مدیریت و برنامه ریزی خواسته دولت شهید رجایی بود.
در پی اعلام رئیس جمهوری منتقدان دولت نهم اظهارات وی را خلاف واقع دانسته و تصریح کردند که شهید رجایی هیچ انتقادی نسبت به سازمان برنامه و بودجه نداشته است.

محمدرضا نعمت زاده معاون سابق وزیر نفت ماههای پایانی سال گذشته گفت و گوی تفصیلی با خبرگزاری فارس انجام داده است که هنوز منتشر نشده است.
وی در این مصاحبه منتشر نشده به ذکر خاطره ای از شهید رجایی در مورد سازمان برنامه و بودجه سابق می پردازد و تصریح می کند: "یادم هست ایشان (شهید رجایی) یک جلسه فرمودند اگر کاری در سازمان برنامه بودجه دارید با نامه نوشتن و اینها به جایی نمی رسید. "
وی از قول شهید رجایی افزود: "نامه نوشتن فایده ندارد باید بروی آنجا بنشینی از این میز به آن میز همینطور درخواستت را بچرخانی. "
به گفته نعمت زاده، شهید رجایی می گفت: "برای یک کار گاهی 4 تا 5 نوبت می رفتم سازمان برنامه و بودجه تا بودجه ای برای آموزش و پرورش بگیرم. "