صرف نظر از حالات عرفانی امام در این سالها ، ویژگیهایی نیز در پیامها ، سخنرانیها و نوع مواضع و برخوردهای سیاسی او وجود دارد که آنها را با موارد پیشین متفاوت می سازد. یکی از حوادثی که آثار آن بر روح و خاطره امام سنگینی می کرد ،شهادت مظلومانه حجاج بیت الله الحرام در کنار خانه خدا و در مراسم حج سال 1366 پس از پیروزی انقلاب بود ، امام خمینی با صدور پیامهای سالانه در مراسم حج بر وجوب توجه مسلمین به مسائل سیاسی جهان اسلام و برائت از مشرکین به عنوان رکن حج تأکید می کرد . همه ساله آئین برائت از مشرکین با حضور ده ها هزار زائرایرانی وشرکت مسلمانان انقلابی از کشورهای دیگر برگزار می شد . تأثیر فوق العاده این اقدامات سبب شد تا آمریکا فشار خویش را بر دولت سعودی برای جلوگیری از آن افزایش دهد .در روزجمعه ششم ذیحجه سال1407 هجری قمری هنگامیکه بیش از 150 هزار زائر در خیابانهای مکه برای شرکت در مراسم برائت از مشرکین حرکت می کردند مأمورین دولت سعودی با انوع سلاحهای سرد وگرم به سرکوبی تظاهر کنندگان پرداختند . در این واقعه حدود 400 نفر از حجاج شهید ، تعداد زیادی مجروح وعده ای دستگیرشدند .
بی تفاوتی دولتهای اسلامی در قبال تجاوز اسرائیل به جنوب لبنان وسرکوبی مسلمانان بپاخاسته فلسطین در سرزمینهای اشغالی وبدتر از آن رویکرد دولتهای عربی به سمت سازش با اسرائیل، رنجهای دیگری بود که بر قلب امام سنگینی میکرد .
در پهنه مسائل داخلی نیز شرایطی که منجربه برکناری قائم مقام رهبری از سوی امام خمینی ( در تاریخ 8/1/68 ) گردید از جمله حوادث ناگواردیگربود نخستین مجلس خبرگان در جلسه تیرماه 1362 ، آیه الله منتظری را به عنوان قائم مقام رهبری برگزیده بود. امام خمینی در آخرین نامه ای که خطاب به وی نوشت ومنجر به پذیرش استعفا و برکناری او از قائم مقام رهبری گردید این نکته را تصریح کرده بود که او ازابتدا با انتخاب آقای منتظری به عنوان رهبر آینده نظام اسلامی مخالف بوده و ایشان را فاقد طاقت لازم برای پذیرش این مسئولیت سنگین و خطیر می دانسته است در این نامه تصریح شده بودکه عدم موضعگیری امام خمینی در مقابل انتخاب مجلس خبرگان به این دلیل بوده که اونمی خواسته در محدوده وظایف قانونی مجلس دخالت کند .
در پیامها و سخنرانیهای سالهای آخر عمر امام ، مجموعه ارزشها و آرمانهایی که اساس نهضت برای تحقق آنها پایه ریزی شده بود ،یادآوری و اولویتهای نظام و انقلاب جهانی اسلام براساس این آرمانها ترسیم شده است . وصیت نامه سیاسی . الهی حضرت امام که در تاریخ 26 بهمن1361  بر همین مبنا نوشته شده گویای آگاهی عمیق ایشان از نیازهای جاری و آتی جوامع اسلامی و احساس مسئولیت او در این رابطه است . ازجمله ویژگیهای پیامهای اخیر تأکید امام بر ضرورت توجه مسلمین به دو نوع برداشت متقابل از اسلام است . در یک سوی «اسلام آمریکایی» است که در پناه آن حکومت های وابسته به بیگانگان سر کار می آیند و به نام اسلام رو در روی مسلمانان واقعی قرار گرفته و در همان حال با اسرائیل و آمریکا ، دشمنان اسلام طرح تسلیم ودوستی می ریزند و در سوی دیگر «اسلام ناب »است که با نثار خون مجاهدان و تلاش بی وقفه عالمان متعهد در طول تاریخ از گزند پیرایه و تحریفات مصون مانده است و یگانه راه رهایی ممالک اسلامی از وضعیت اسفبار کنونی است. 

رحلت امام خمینی : وصال یار، فراق یاران :امام خمینی هدفها و آرمانها و هر آنچه را که می بایست ابلاغ کند گفته بود ودر عمل نیز تمام هستیش را برای تحقق همان هدفها بکارگرفته بود . اینک در آستانه نیمه خرداد 1368 خود را آماده ملاقات عزیزی می کرد که تمام عمرش رابرای جلب رضای او صرف کرده بود . ساعت 20/22 بعد از ظهر روز شنبه سیزدهم خرداد ماه سال 1368 لحظه وصال بود . قلبی از کار ایستاد که میلیونها قلب را به نور خدا احیاء کرده بود . وقتی که خبر رحلت منتشر شد ، سرتاسر ایران وهمه کانونهایی که در جهان با نام و پیام امام خمینی آشنا بودند ، یکپارچه گریستند .
روز14 خرداد 1368 ، مجلس خبرگان رهبری تشکیل گردید و پس از قرائت وصیتنامه امام خمینی توسط حضرت آیه الله خامنه ای ، بحث وتبادل نظر برای تعیین جانشین امام خمینی و رهبر انقلاب اسلامی آغاز شد وپس از چندین ساعت ، سرانجام حضرت آیه الله خامنه ای ( رئیس جمهوروقت ) که از شاگردان امام و از چهره های درخشان انقلاب اسلامی و از یاران 15 خرداد بود ودر همه فراز و نشیبهای نهضت ، در جمع دیگر یاوران انقلاب جانبازی کرده بود ، به اتفاق آراء برای این رسالت خطیر برگزیده شد این انتخاب سریع و شایسته امیدهای ضد انقلاب را بر باد داد و عصر امام خمینی در پهنه ای وسیعتر از گذشته آغاز شد .

سلام علیه یوم ولد و یوم مات ویوم یبعث حیّاً